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El control de violaciones a los derechos humanos, implementado por la Procuraduría desde finales de la década de los ochenta, sirvió para acuñar el término militar de 'síndrome de la Procuraduría', que hizo referencia al temor castrense de ejercer las funciones que considera suyas, por miedo de ser acusados por el ministerio público de violar los derechos humanos y, en consecuencia, de ser sancionados. Ello fue resultado de la 'aparición' del país en el concierto internacional -en momentos en que la defensa de los derechos humanos adquiría notoriedad en el mundo-, provocada por el auge del narcotráfico y el aumento de la violencia. Las acciones de la Procuraduría eran vistas -por los militares y también por políticos y periodistas que asumen el papel de 'intelectuales orgánicos'- como un subproducto de lo que denominaban 'idiotas útiles' o 'infiltrados del comunismo'. A los militares se les dificultaba aceptar y establecer sus límites funcionales debido al enclaustramiento del país hasta ese entonces, a la confusión causada por el contraste entre los principios doctrinarios y las ideas que emergían, a su confrontación permanente con la subversión y al papel tradicional en desuso de defensa de la soberanía hacia el exterior.

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